Laboratorium di Stikom Muhammadiyah Batam memiliki fungsi utama yaitu, sebagai lab teaching, yaitu penunjang proses pembelajaran (praktikum), sebagai pusat riset bagi mahasiswa, dosen, dan kelompok-kelompok riset.

Laboratorium di Stikom Muhammadiyah Batam terbagi menjadi 3 Laboratorium :

1. Laboratorium Robotic

2. Laboratorium Jaringan

3. Laboratorium Komputer

Lokasi Laboratorium di Stikom Muhammadiyah Batam terletak di gedung A lantai satu kampus stikom Muhammadiyah Batam.