Dalam penyelenggaraan pendidikan, STIKOM Batam bekerja sama dengan STIKOM Muhammadiyah Pusat dan semua perguruan tinggi negeri dan sejumlah perguruan tinggi swasta serta instansi yang relevan yang ada di Indonesia. Untuk memberikan layanan pendidikan secara optimal kepada mahasiswa yang tersebar di seluruh penjuru tanah air dan di luar negeri, STIKOM bekerja sama dengan instansi lain seperti Bank Muamalat, dan Bank lainnya, ORARI dan Perpustakaan Daerah, PT Pos Indonesia. Dll. STIKOM juga bekerja sama dengan instansi-instansi yang ingin meningkatkan kualitas sumber daya manusianya, baik instansi pemerintah, BUMN maupun swasta. Mereka dapat mengikuti program yang ada di STIKOM atau memesan program studi baru yang sesuai dengan kebutuhan instansinya.